พันธุศาสตร์ที่เกี่ยวกับสีของปลากัดนั้นค่อนข้างจะซับซ้อนเนื่องจากมียีนต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องมากมาย สีของปลากัดประกอบด้วยชั้นสีหลัก ๔ ชั้นสี คือ สีเหลือง สีดำ สีแดง และสีวาว ในชั้นสีหลักแต่ละสีมียีนจำนวนหนึ่งที่ควบคุมปริมาณเม็ดสีว่าจะมีมากหรือน้อยเพียงใดและจะกระจายอยู่ในบริเวณส่วนใด สีของปลากัดที่ปรากฏให้เห็นเป็นผลรวมของสีที่แสดงออกในชั้นสีทั้ง ๔ ชั้นนี้ จากข้อมูลในปัจจุบัน พบว่า มียีน ๓ ชนิด ที่มีอิทธิพลต่อสีดำซึ่งทำให้เกิดสีดำได้ ๘ รูปแบบ ส่วนสีแดงก็มียีน ๓ ชนิด ที่มีอิทธิพลต่อสีแดงซึ่งสามารถให้สีแดงได้ถึง ๑๒ รูปแบบและในสีวาวก็พบยีน ๓ ชนิด ซึ่งทำให้มีสีวาวได้ ๑๒ รูปแบบ หากผสมลักษณะเหล่านี้เข้าด้วยกันจะสามารถสร้างลักษณะสีของปลากัดได้ถึง ๑,๑๑๕ รูปแบบ นอกจากนี้ถ้านำยีนที่ควบคุมลักษณะสีขุ่นลายหินอ่อนและลักษณะครีบรวมเข้าไปด้วยจะทำให้สามารถได้ปลากัดที่มีลักษณะแตกต่างกันถึง ๒๖,๐๐๐ รูปแบบ ทั้งนี้พิจารณาจากยีนที่มีการค้นพบแล้วเท่านั้นซึ่งในข้อเท็จจริงแล้วยังมียีนอีกจำนวนมากที่อาจมีการค้นพบเพิ่มเติม ในระยะเวลาต่อไปได้อีก
๑) ชั้นสีเหลือง
จนถึงปัจจุบันยังไม่มีการค้นพบยีนที่ควบคุมสีเหลืองของปลากัดซึ่งหมายความว่า ปลากัดสีเหลือง เป็นปลากัดที่มียีนที่ทำให้ไม่มีสีดำ สีแดง และสีน้ำเงินในชั้นสีวาว อย่างไรก็ตามเนื่องจากมีปลากัดสีขาวจำนวนมากที่ผสมออกมาโดยไม่มีสีเหลืองเลย ดังนั้นจึงอาจเป็นไปได้ที่จะมียีนควบคุมสีเหลืองซึ่งจะเป็นโดยตรงหรือโดยอ้อมก็ตามหรือมิฉะนั้นก็อาจจะเกี่ยวข้องกับยีนที่ควบคุมความขุ่นของสีก็ได้
๒) ชั้นสีดำ
มียีน ๓ ชนิดที่มีผลต่อชั้นสีดำ ประกอบด้วย
๓) ชั้นสีแดง
ยีนที่ควบคุมการกระจายและความเข้มของสีแดงเป็นยีนเด่นทั้งคู่ทำให้เกิดสีแดงหลายเฉดสีปลากัดที่มียีนด้อยคู่จะมีบริเวณการกระจายของสีแดงน้อยกว่าปลากัดที่มียีนเด่นคู่ยังไม่มีการตรวจพบยีนที่ทำให้บริเวณที่มีสีแดงลดลงจากระดับปกติในปลากัด อย่างไรก็ตามเนื่องจากสีแดงในปลากัดมีการกระจายแตกต่างกันมากบางตัวจะเหลือสีแดงเพียงบริเวณเล็กน้อยซึ่งยากที่จะอธิบายได้ หากไม่มียีนที่ควบคุมการลดบริเวณของสีแดงและยีนที่เพิ่มบริเวณของสีแดง ยีนที่ควบคุมการกระจายของสีบนครีบจะทำให้เกิดลักษณะที่เรียกว่า ผีเสื้อ อย่างไรก็ตามบางคนคิดว่าในส่วนนี้อาจเป็นผลจากยีนหลายยีนที่แสดงออกร่วมกันเนื่องจากการกระจายของสีแดงที่ครีบสามารถเป็นไปได้หลายรูปแบบและในความเข้มของสีที่แตกต่างกัน
๔) ชั้นสีวาว
ยีนสีน้ำเงินแกมเขียวสามารถทำให้เกิดสีได้ ๓ สี กล่าวคือ หากเป็นยีนเด่นทั้งคู่จะทำให้เกิดสีเขียววาว ขณะที่ยีนเด่นหนึ่งและยีนด้อยหนึ่งจะทำให้เกิดสีน้ำเงินวาวหากเป็นยีนด้อยทั้งคู่จะทำให้เกิดสีน้ำเงินวาวแบบสตีลบลู (steel blue) ในขณะเดียวกันถ้ามีชั้นของสีดำอยู่ข้างใต้จะทำให้สีออกมาเข้มกว่าและทึบกว่าที่ไม่มีชั้นของสีดำอยู่ สีวาวเกิดจากผลึกในเซลล์สะท้อนแสงทำให้เกิดสีน้ำเงินวาว หรือสีเขียววาวยีนที่ควบคุมการกระจายของสีวาวหากเป็นยีนเด่นทั้งคู่จะเพิ่มความวาวของสีปลากัด แต่ถ้าเป็นยีนด้อยทั้งคู่ความวาวของสีจะลดลงไปมากและจากข้อมูลที่พบอาจเป็นไปได้ว่ายีนที่ควบคุมการกระจายของสีวาวที่เป็นยีนเด่นหนึ่งและยีนด้อยหนึ่งจะให้ความวาวในช่วงปานกลางหรืออาจเป็นไปได้ว่ามียีนมากกว่า ๑ คู่ ที่เกี่ยวข้องกับความวาวของสี ปัจจุบันยังไม่มีการค้นพบว่ามียีนตัวใดบ้างที่ทำให้สีน้ำเงินไม่ปรากฏอยู่เลยในปลากัดบางตัว แต่จากการผสมพันธุ์พบว่ามีหลายครั้งที่ได้ปลากัดที่ไม่แสดงลักษณะของสีน้ำเงินออกมาเลยจึงยังเป็นข้อถกเถียงกันอยู่มาก อย่างไรก็ตาม ในกรณีที่ปลากัดมียีนด้อยคู่ของสีบลอนด์ร่วมกับยีนด้อยคู่ที่ควบคุมการกระจายของสีวาวชั้นของสีน้ำเงินจะมีค่อนข้างจำกัดทำให้เกิดสีประกายเงินเล็กน้อยจนไม่อาจสังเกตได้ว่าเป็นสีน้ำเงิน ยีนด้อยคู่เขมรหรือยีนเผือกและยีนด้อยคู่สีบลอนด์ซึ่งให้สีเหลืองและสีขาวก็มีผลในการจำกัดสีน้ำเงินด้วย อย่างไรก็ตามบางคนยังคิดว่าอาจจะมียีนที่ยังไม่ถูกค้นพบที่ควบคุมไม่ให้มีสีน้ำเงินอยู่
๕) ยีนที่ควบคุมลักษณะอย่างอื่นๆ
ลักษณะหางคู่เป็นลักษณะด้อยส่วนลักษณะหางเดียวเป็นลักษณะเด่นทำให้ปลากัดที่มียีนทั้งสองลักษณะอยู่ด้วยกันมีลักษณะเป็นหางเดียวซึ่งหากผสมระหว่างปลาหางคู่ด้วยกันจะได้ลูกปลา เป็นปลาหางคู่ทั้งหมด แต่ถ้าผสมระหว่างปลาหางคู่และปลาหางเดียวที่มียีนหางคู่แฝงอยู่ลูกปลาจะเป็นปลาหางคู่ครึ่งหนึ่งและเป็นปลาหางเดียวที่มียีนหางคู่แฝงอีกครึ่งหนึ่ง ถ้าลูกปลาที่ได้เป็นปลาหางคู่ ๑ ใน ๔ และเป็นปลาหางเดียว ๓ ใน ๔ แสดงว่าเป็นการผสมระหว่างพ่อแม่พันธุ์ที่เป็นปลาหางเดียวที่มียีนหางคู่แฝงอยู่ทั้งคู่ ซึ่ง ๒ ใน ๓ ของลูกปลาหางเดียวจะเป็นปลาหางเดียวที่มียีนหางคู่แฝงอยู่และถ้าผสมระหว่างปลาหางเดียวแท้และปลาหางเดียวที่มียีนหางคู่แฝงอยู่จะไม่ได้ปลาหางคู่เลยลูกปลาจะเป็นปลาหางเดียวทั้งหมดโดยเป็นปลาหางเดียวแท้ครึ่งหนึ่งและเป็นปลาหางเดียวที่ยีนหางคู่แฝงอยู่อีกครึ่งหนึ่ง การผสมพันธุ์ปลากัดโทนสีน้ำเงิน - เขียว เมื่อผสมปลากัดสีเขียวแท้กับสีสตีลบลูจะได้สีน้ำเงินทั้งหมด แต่หากผสมปลากัดสีน้ำเงินทั้งคู่จะได้ปลากัดสีเขียว ๑ ใน ๔ ปลากัดสีน้ำเงินครึ่งหนึ่งและปลากัดสีเทา อีก ๑ ใน ๔
สีดำล้วนของปลากัดควบคุมโดยยีนด้อยคู่ซึ่งส่งผลให้ไข่ปลาไม่สามารถฟักออกเป็นตัว การจะได้ปลากัดสีดำจึงไม่อาจผสมจากพ่อแม่ที่เป็นสีดำแท้ได้เพราะไข่จะไม่ฟักออกเป็นตัว ดังนั้นลูกปลาสีดำจึงได้มาด้วยการผสม ๒ แนวทาง คือผสมแม่ปลาที่มียีนสีดำแฝงอยู่กับตัวผู้สีดำแท้จะได้ปลาสีดำครึ่งหนึ่งและปลาที่ไม่ใช่สีดำแต่มียีนสีดำอยู่อีกครึ่งหนึ่งหรือผสมปลาที่ไม่ใช่ปลาสีดำ แต่มียีนสีดำแฝงอยู่ทั้งคู่ จะได้ปลาสีดำ ๑ ใน ๔ ปลาสีอื่นที่มียีนสีดำแฝงครึ่งหนึ่งและปลาสีอื่นที่ไม่มียีนสีดำอีก ๑ ใน ๔ การผสมปลาสีอื่นที่ไม่มียีนสีดำแฝงกับปลาที่มียีนสีดำแฝงจะไม่ได้ปลาสีดำเลย แต่จะได้ปลาสีอื่นที่มียีนสีดำแฝงอยู่ครึ่งหนึ่งของจำนวนที่ผสมได้
ปลากัดตามธรรมชาติที่มีลักษณะปกติของสีแดงจะปรากฏสีแดงเฉพาะบริเวณใกล้เหงือกและกระจายอยู่เล็กน้อยบริเวณครีบโดยเฉพาะอย่างยิ่งบริเวณโคนครีบหาง ส่วนปลากัดที่มีสีแดงทั้งตัวครอบคลุมถึงทุกส่วนของครีบจะต้องมียีนด้อยคู่ของยีนที่ควบคุมการกระจายของสีแดงและต้องมียีนเด่นคู่ที่ควบคุมปริมาณสีแดงยีนด้อยคู่ของยีนที่ควบคุมปริมาณสีแดงจะลดสีแดงลงจนแทบมองไม่เห็นความเข้มและโทนสีของสีแดงของปลากัดจะถูกควบคุมด้วยยีนที่ควบคุมความสว่างของสีหรือบางครั้งเรียกว่า ยีนสีบลอนด์ ซึ่งจะควบคุมปริมาณสีดำที่ผสมอยู่ในสีแดงทำให้เกิดโทนสีตั้งแต่สีแดงสดถึงสีน้ำตาลแดงยีนด้อยของยีนคู่นี้จะทำให้สีแดงที่ได้เป็นสีแดงสด